La parroquia de San Juan el Real de Calatayud mantiene abierto un pequeño museo parroquial en el espacio comprendido por la sacristía, la sala capitular y los accesos a las mismas. Se puso en marcha en 1999 y en él pueden verse diversas obras de arte sacro.

La sacristía, dividida en tres partes por arcos mixtilíneos, constituye un conjunto muy interesante, tanto por la carpintería de muebles y puertas como por la decoración y obras de arte que contiene. Se destacan la elaborada cajonería taraceada de nogal, barroca, del siglo XVII, destinada a guardar las ropas y ornamentos litúrgicos; unos armarios con pinturas de los cuatro arcángeles (Miguel, Gabriel, Rafael y Uriel) y las tallas de los santos jesuitas Ignacio de Loyola, Francisco Javier y Francisco de Borja, más una de San Pedro.

El vestíbulo que comunica la sacristía y la sala capitular posee unas puertas de nogal con relieves alusivos a la Virgen. Se ubica aquí un lienzo del siglo XVI, regalado por un limosnero de la parroquia, que representa a la Virgen del Pópulo.

En la sala capitular puede verse el comentado armario de las reliquias, así como lienzos de escuelas italiana y española de los siglos XVI al XVIII, dos relicarios procedentes de la iglesia parroquial de Sediles, orfebrería litúrgica y, procedentes de la antigua parroquia de San Juan de Vallupié, un asiento gótico para el terno de oficiantes, obra mudéjar del siglo XV hecho por los hermanos Farax y Brahem, apodados los Rubio, más una talla de madera policromada de San Juan Bautista del siglo XVI.