La Sierra de Algairén forma parte de la rama aragonesa de la Cordillera Ibérica y reúne un importante valor medioambiental en toda su extensión. La zona que nos ocupa se extiende por uno de los vértices de la sierra, concretamente el que abarca su zona de mayor altitud, en el pico Valdemadera (1276 m). La zona está compuesta por materiales paleozoicos, pizarras y cuarcitas. Se trata de un relieve estructural con fuertes plegamientos y fracturaciones, remodelado posteriormente por barrancos de incisión lineal. Existen importantes bosques de carrasca con matorral. El enclave reviste especial interés para la conservación de la Centaurea pinnata, endemismo ibérico, aragonés presente en las sierras de Armantes, La Virgen, Algairén, Pardos y Santa Cruz, además de en La Cocha, en el entorno de los Desfiladeros del Jalón. 

Una muela en Aragón es una meseta, una elevación llana muy característica del valle del Ebro. El interfluvio del Jiloca y el Perejiles es una muela yesífera de gran belleza. Las zonas más elevadas superan los 900 metros y coinciden con las muelas calcáreas. Alrededor de los relieves tabulares encontramos depósitos de piedemonte y formaciones detríticas terciarias, fundamentalmente formadas por conglomerados, areniscas y arcillas. En la parte noroccidental dominan los afloramientos evaporíticos terciarios, fundamentalmente yesos, que condicionan la vegetación de este sector, predominando las especies gipsófilas.

Las formaciones vegetales dominantes conforman un variado matorral mediterráneo, en el que destacan las comunidades de romeral, lavanda, salvia, aliaga, tomillar mixto y pastizales de lastón (Brachypodium retusum). En otros sectores, el coscojar ocupa la posición predominante con algunos pies dispersos de carrascal. En la parte noroccidental, coincidiendo con los afloramientos de yesos, dominan los matorrales gipsófilos. Los usos pecuarios tradicionales condicionan la densidad, variedad y dinámica de las formaciones de matorral.

Espacio de interés por la diversidad de las formaciones de matorral esclerófilo mediterráneo, vinculadas al sustrato dominante, resaltando las comunidades gipsícolas.

 El espacio se ubica dentro de los macizos mesozoicos de la Ibérica zaragozana, aunque incluye una pequeña parte de relieves paleozoicos formados por materiales de naturaleza metamórfica. La sierra presenta una orientación NW-SE con una clara vergencia hacia el Noreste. Presenta una altitud en torno a los 900-1000 metros y está formada por materiales carbonatados, que en las zonas más elevadas coinciden con superficies de erosión en calizas. Las formaciones vegetales predominantes se componen por un mosaico de matorrales y herbazales en diferentes grados de madurez y cubrimiento, destacando las formaciones de sabinar y romeral. Junto a sectores con predominio de tomillar mixto y lastón, encontramos zonas con Cervo-timo-aliagar. En la parte suroriental, junto a los matorrales, encontramos formaciones arbóreas de carrasca. El pastoreo es la actividad más destacada siendo importante en todo el sector y condicionando la progresión del matorral. Las repoblaciones forestales de pinos, poco integradas en el medio, dominan algunos sectores de la parte norte.

El espacio se ubica dentro de los macizos paleozoicos de la Ibérica zaragozana, identificados estructuralmente como horsts disimétricos de dirección NW-SE, con una clara vergencia hacia el Noreste. Estas sierras están individualizadas respecto al resto por corredores longitudinales y collados transversales y están formadas por materiales cuarcíticos, de gran dureza, que resistieron a la nivelación erosiva postalpina conocida como superficie de erosión fundamental, quedando las crestas cuarcíticas como relieves residuales que oscilan entre los 1100 m y los 1400 m de altura.

El paisaje vegetal se distribuye irregularmente. En la parte media y baja de las laderas encontramos bosques de carrasca en mosaico, con superficies de matorral mixto mediterráneo con especies acidófilas. En algunos sectores, las laderas se han repoblado con pino. A mayor altura aparecen los quejigales, que en las vertientes septentrionales son sustituidos por rebollares extensos. Junto a las formaciones arbóreas encontramos un mosaico de matorral mediterráneo muy diverso, formado por brezales con aliaga, tomillares mixtos con pastizales estacionales, lastonares mixtos, jaras brezos, etc. Las principales actividades agropecuarias se centran en el pastoreo de los pastos secos y los matorrales. El aprovechamiento del bosque y la caza son en menor medida otras actividades desarrolladas en este espacio.

Es este un espacio de gran variabilidad paisajística como consecuencia de la presencia de las sierras paleozoicas de la Cocha (1008 m.) y el cerro de los Pedrosos (1079 m.), y un sector del tramo medio del río Jalón, que secciona el espacio en dos partes, labrando un profundo cañón fluvial con meandros encajados. El río en este sector atraviesa, claramente inadaptado a las estructuras dominantes, las alineaciones montañosas con orientación de fluencia SE-NW. La excavación cuaternaria en el Valle del Jalón ha labrado profundas y sinuosas gargantas en los materiales resistentes del paleozoico. Es un río de régimen hídrico pluvial y puramente mediterráneo, con máximos de caudal equinociales y un marcado mínimo estival. En este sector recibe los aportes de numerosos barrancos laterales, destacando la rambla de Ribota, que discurre por materiales terciarios de naturaleza conglomerática y areniscosa, aportando gran cantidad de aluvión, o el barranco de San Blas.

En el fondo del valle aparecen depósitos aluviales poco desarrollados en este sector aprovechados para el asentamiento en franjas laterales de bosques galería en los que predominan chopos, álamos y sauces. Los terrenos de cultivo llegan en ocasiones hasta cerca del cauce, impidiendo la progresión de la vegetación ribereña. En las sierras laterales predomina un mosaico de matorral y herbazales en diferentes grados de madurez y cubrimiento. Junto a sectores con predominio de tomillar mixto y el lastón (Brachypodium retosum), encontramos zonas con Cervo-timo-aliagar. En otras zonas se desarrollan importantes carrascales. El pastoreo es la actividad más destacada, siendo importante en todo el sector y condicionando la progresión del matorral. En algunos sectores, la presencia abundante de ginestas (Retama sphaerocarpa) y (Cytisus scoparius) atestiguan este hecho.